El CONEBI tiene como objetivo crear, implementar y monitorear el Programa Estratégico Escolar para el Bienestar (PEEBI) para educación básica y media superior del Sistema Educativo Estatal, así como en las escuelas normales del Subsistema Educativo Estatal y Federalizado, orientado a fomentar el bienestar físico, la salud mental y socioemocional de niñas, niños, adolescentes y jóvenes, promoviendo una educación basada en principios de igualdad, inclusión, respeto a los derechos humanos y cultura de paz, lo que contribuirá al desarrollo integral de toda la comunidad escolar.